同治十一年（1872）大楼重建，光绪二十五年九月一日（1899年10月5日）火灾烧毁，后重建，宣统二年五月（1910年6月）拆建，中华民国元年（1912）12月9日再毁于火。现址为中华民国三年（1914）年3月由英国建筑师戴卫德•迪克依照欧洲古典建筑形式设计，华昌工程公司承建，1916年5月竣工。现大楼坐西北朝东南 ，为四层钢筋混凝土结构建筑，平面呈凸形，门外带石梯，面宽47.2米，进深24.22米，总占地面积4421平方米。该楼东南立面以花岗石砌筑，水平分缝装饰，首层以台基形式处理。大门两侧以高大双柱、倚柱承托山花、拱券，券拱上有“粤海关”三字。巨型罗马复合柱头及罗马塔斯干柱身混合双柱通贯二、三层，四层以罗马塔斯干柱环绕回廊。西北立面红砖清水墙。建筑顶筑穹窿顶钟楼，钟楼四面以塔斯干柱支承，内置英国于1915年制造的大型四面时钟，钟内还有5个大小不一的吊钟，整点报时。该楼室内高大宽敞，柚木平缓拱形窗，各室设壁炉，樟木地板，其它地面以彩色水泥砖石马赛克等铺地，彩瓷砖墙裙。

　　2006年5月，公布为全国重点文物保护单位。